В Heroes II была существенно изменена система магии. В первой части серии основной параметр Знание обозначал максимальное количество применений одного заклинания. К примеру, герой со Знанием, равным 4, мог колдовать каждое из своих заклинаний не более, чем 4 раза. В Heroes II эта система была заменена системой очков заклинаний. При этом герой выучивает заклинание навсегда, но каждое его применение сто́ит определённое число очков. Количество очков, которое есть у героя, обычно определяется его Знанием, умноженным на 10. Например, если у героя Знание равно 3, то у него изначально есть 30 очков. После того, как он сотворит заклинание стоимостью 8 очков, у него их останется 22. Очки заклинания обычно восстанавливаются по одному за день, однако в некоторых случаях этот процесс может быть ускорен. Также в Heroes II был добавлен 5-й уровень Гильдии магов (и соответствующие заклинания пятого уровня).
