В Heroes II игроку предлагается развивать героев с помощью системы вторичных навыков. В противоположность первой части серии, в которой герой имел только 4 основных параметра (атака, защита, колдовская сила и знание), вторая игра серии позволяет развивать и множество вторичных характеристик. Герой может владеть максимум восемью вторичными навыками, каждый из которых может быть развит до одного из трёх уровней: базовый, продвинутый или экспертный. Вторичные навыки служат для различных целей и действуют по-разному, исходя из своего предназначения. К примеру, навык Мудрость позволяет герою изучать заклинания 3-го (базовая Мудрость), 4-го (продвинутая) и 5-го (экспертная) уровней. А навык Логистика увеличивает максимальное расстояние, которое герой может пройти по карте приключений за один ход. Часть навыков схожи по действию со специальными способностями героев из Heroes of Might and Magic I (например, Навигация у Волшебниц, Разведка у Чародеев). Когда герой переходит на новый уровень (путём получения опыта или посещения специальных строений), он получает +1 к одному из основных параметров, а также имеет право выбрать один из двух вторичных навыков. Могут быть предложены как новый уровень уже имеющегося (но ещё не экспертного) навыка, так и новый навык базового уровня.
