Вторичные навыки также являются важнейшими характеристиками героев, определяя умения героя в отдельных аспектах игры. Герой может владеть максимум 8 вторичными навыками, каждый из которых может быть развит до одной из трёх ступеней.
Вторичные навыки служат для различных целей и действуют по-разному, исходя из своего предназначения. К примеру, навык Мудрость, являющийся базовым для большинства героев-магов, позволяет герою изучать заклинания 3-го, 4-го и 5-го уровней (в зависимости от ступени, до которой развит навык). А навык Логистика увеличивает максимальное расстояние, которое герой может пройти по карте приключений за один ход. Вторичные навыки появились в Heroes of Might and Magic начиная со второй версии игры, но в третьей их список был значительно расширен.
